Die Erfolgsaussichten einer Wurzelkanalbehandlung sind in der Regel sehr gut.
Allerdings können in einigen wenigen Fällen längere Zeit nach Abschluss der Behandlung am selben Zahn wieder Beschwerden auftreten. Die Ursache hierfür ist meistens - trotz korrekter Wurzelfüllung - das Eindringen von Bakterien aus kleinen Seitenkanälchen in den Knochen. Diese verursachen und unterhalten dort eine Entzündung.
Die eingeschränkte Möglichkeit diese Seitenkanälchen bei der Wurzelfüllung mit zu verschließen ist ein Grundproblem von Wurzelfüllungen, allerdings hat auch nicht jeder Zahn solche Kanäle, und selbst wenn kommt es nicht immer zu Beschwerden.

Um so gut wie möglich auch die Seitenkanäle zu erreichen und zu versiegeln verwendet man in der Regel bei einer klassischen Wurzelfüllung die laterale Kondensationsmethode, womit man so viel Sealer (Wurzelfüllpaste) wie möglich auch in die Seitenkanäle einbringen möchte.
Eine moderne Methode ist das Therma-Fil-Verfahren, bei dem ein erhitzter Wurzelstift unter Druck in den Wurzelkanal eingebracht wird.

Um frühzeitig eventuell wiederkehrende Entzündungen zu erkennen, kontrolliert man in regelmäßigen Abständen den Behandlungserfolg der Wurzelbehandlung durch klinische Untersuchungen und Röntgenaufnahmen.